某天,家里蹲的啃老族绪山真寻一觉醒来发现自己变成了“女孩子”!?正当真寻不知道镜子里的美少女是自己而陷入混乱的时候,跳级进入大学的科学家妹妹绪山美波里出现了。14年前,第一架飞机被怀疑是第一种神化形式的觉醒带来了近三次冲击,在世界上引发了前所未有的动荡。之后,前NERV成员,如葛成梅丽(三石琴配音)逃离并建立了Wille,Wille反抗Seele和NERV。