这个世界里除了巨塔Artonelico和一些浮游大陆以外几乎什么都没有。整个Soul Shell就是一个完全封闭的空间，没有天空也没有海洋。在Soul Shell中存在着两大对立的势力，“艾尔米雷米尔教会”以及“天霸”。艾尔米雷米尔教会崇拜的是诗神，他们的目标是创造理想的国度，而天霸则掌握有极高的科学技术，他们目的则是建立科学化文明社会。 在Soul Shell中还有一个贯穿整个游戏剧情的种族，这个种族名为“雷瓦提尔”，这个种族拥有将思念转化为诗篇的强大力量……
美绪介绍下，他们认识以画富士山闻名的画师如月峰水、市议员大木岩松、双塔的设计者风间英彦（森谷帝二的弟子，第一弹《引爆摩天楼》中，森谷曾向新一挑战）、天才程序员原。期间灰原的举动异常。 大木提前入住B塔被害，目暮警官着手调查发现他与美绪似有不同寻常关系，不久原亦被杀害于家中。因为现场都留有与日本画画师作画时所用的乳钵相似的小酒杯碎片，两起案件似系一人所为。柯南由小酒杯联想到灰原曾效力的、以酒名为绰号的黑暗组织，并注意到第二起案件中碎片上未沾染血迹。与此同时他找到灰原举动异常的原因，却发现她正被人追踪。而园子玩笑弄的发式令她像极了雪莉（灰原）。 开幕酒会上，美绪向宾客展示如月最为宝贵的富士山画作时被杀，死相正如横亘在富士山正中的双塔的缩影图，她的身下也有一个小酒杯，不过却是完好的。地上一颗原本该呆在美绪脖子上的珍珠令柯南将目光转向如月。紧接，A楼美绪公司电脑档案所在的楼层及地下配电室发生爆炸。逃亡时刻，柯南注意到正有一支枪瞄准园子，心中给出了所有疑问的答案，但他及小兰等人最迫切需要解决的却是如何从火海逃脱。
