真历十七年，第三银河帝国正式成立。地球上70%的人口已经实现了地外迁徙，人类社会也分裂为青年军政府建立的多尔西亚军事国家和扩大贸易协议的环大西洋条约组织ARUS。这两股主要力量此消彼长，争端仍在继续。
ケモナーマスク（毛球控假面）本体柴田源藏被公主告知要退治魔王和邪恶的魔兽。 但是喜爱毛茸茸动物的源藏坚决拒绝了这个请求。 “就算是魔兽，只要满怀爱心接纳它的话，是不会无端袭击人类的！”
但此时此刻引起佐藤注意的是三年前松田诚平在爆炸中死亡时出现的死亡幻觉，这次出现在高木上。与此同时，连续爆炸的犯人越狱了！这是巧合吗？这名囚犯也是公安警察Yasuhiro命运的敌人，因为他杀死了他的同学Matsuda。就在他准备追上罪犯时，一个神秘的变装人物突然出现，并在安史身上安装了项圈炸弹。为了解除项圈炸弹的武装，柯南赶到安西潜伏的地下避难所。柯南从Ashikaga那里得知了另一起事件——三年前，Ashikaga和一名警察学院的同学（现已死亡）在涩谷遇到了一名名叫“Pramia”的不明伪装炸弹袭击者。然而，此时，在搜索过程中，危险已经开始笼罩柯南和其他人
