故事发生在日本江户时代，当时一名神秘男子出现在武士桂（石田明配音）面前。他手里拿着魔剑“红樱”，要求对其进行测试。当晚之后，桂的下落不明。桂的宠物伊丽莎白（高松伸树配音）从万石屋找到了信高（Naomiya Rihui配音）和信矢加（Sakaguchi Daisuke配音），并委托他们寻找主人的下落。与此同时，银石（杉田智和饰）也被委托寻找调皮捣蛋的红樱的下落。三人的线索聚集在一艘飞艇上，由于远离警方的管辖范围，飞艇内的邪恶势力被完全隐藏起来。在那里，银石遇到了他的前战友、现任对手高崎信三（由齐安武史配音），他正带领他的幽灵军队试图摧毁江户。一边是令人发指的恐怖分子，另一边是残忍嗜血的妖刀红鹰。身受重伤的银石能否安全逃生，拯救江户？这部剧场版翻拍了《银魂》动画中的《红樱物语》，没有出现在原作中的真选组也将在故事中展示他们的技巧。
卡利奥斯特罗是欧洲一个只有3500人口的小国，是世界上最逼真的伪钞——山羊纸币的诞生地。它的伪钞的真实性几乎让像鲁邦三世这样的小偷都看不见了。鲁邦和他的同伴来到这里，碰巧遇到了被一群暴徒追赶的漂亮女孩克拉丽斯。
计划是这样的，和可爱的女孩子说了话或是做出 了时髦的举动，青春点数就会上升，反之则下降，这样一来，在毕业之前成为一个狂拽酷炫的青年将不再是梦想。 在大都市中，丹羽真寄宿在了姑姑家，没想到，一直以为独居的姑姑家中，居然住着一个各方面看起来都非常奇怪的电波女艾莉欧（大龟明日香 配音）。就这样，丹羽真和艾莉欧的同居生活拉开了序幕，有这样一个令人青春点数大跌的女孩伴在身边，丹羽真的梦想还能够实现吗？
