世界的中心，加特比亚，曾经是一个无尽而荒凉的恶魔王国。女神从天而降，天空中出现了一扇巨大的“门”。人们在“门”中发现了维持世界的奇迹之源；基里“；存在随着时间的推移，加特比亚发展成为一座城市。
Truth（菊池明子饰演）回到了她失散多年的家乡，在那里她与前男友Aji（小林裕二饰演）团聚。真相告诉阿志，他决定在这里开一家刨冰店，这让阿志感到非常困惑。特鲁斯曾经是一位舞台艺术家，她对自己的事业非常投入。
值此危急时刻，公安九课少校的草薙素子（坂本真绫 配音）率领队员巴特（松田健一郎 配音）、陀古萨（新垣樽助 配音）等人迅速展开行动，与恐怖分子和黑客展开连番恶斗。这支个性满满且身怀绝技的机动部队，还要追溯到2027年6月的某天。时任陆军机密部队501机关中佐的真室在街头被人杀害，公安9课课长荒卷大辅（塾一久 配音）在墓地与生化人草薙素子首次邂逅。后者接受荒卷的委托追查真相，在这一过程中和巴特等人邂逅。这正是一段传奇部队“攻壳机动队”成立前夕的故事…… 本片根据士郎正宗的原作改编。
