继续前一季的剧情，穆德上当受骗，并在及时发现错误后与斯库利勾结，欺骗政府高级官员，潜入“普通联邦调查局特工不应进入的地方”收集必要信息。这个赛季的发展越来越令人兴奋。一些尚未完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。斯库莉被绑架时子宫被摘除，但今年她的孩子艾米莉出现了。今年，制作团队甚至找了两位著名的科幻作家来写两集剧本。今年还有一集喜剧。为了配合电影的上映，整个X文件添加了一些角色和内容。“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再次接近真相。穆德前女友的出现也对穆德和斯库利的关系构成了重大考验。当吸烟者烧掉所有的X档案时，这个季节结束了。