Miyako Shin本应成为新宿区政府的一名普通公务员，却被派往东京23个区的所有区都不知道的“夜间地区交流部”工作。这项工作涉及解决由各种怪物引起的超自然事件。
值此危急时刻，公安九课少校的草薙素子（坂本真绫 配音）率领队员巴特（松田健一郎 配音）、陀古萨（新垣樽助 配音）等人迅速展开行动，与恐怖分子和黑客展开连番恶斗。这支个性满满且身怀绝技的机动部队，还要追溯到2027年6月的某天。时任陆军机密部队501机关中佐的真室在街头被人杀害，公安9课课长荒卷大辅（塾一久 配音）在墓地与生化人草薙素子首次邂逅。后者接受荒卷的委托追查真相，在这一过程中和巴特等人邂逅。这正是一段传奇部队“攻壳机动队”成立前夕的故事…… 本片根据士郎正宗的原作改编。
特别编“AIR in Summer”于2005年8月28日和9月4日于BS-i放映。 AIR “Summer”编的故事在2005年1月6日的版本中已经包含，“Summer”编动画故事内容长度比游戏的故事短了很多，其中多半是被删减或压缩。
