灾难性袭击对世界造成“第二次冲击”后,世界在废墟上重建。14岁的Ikashi Shinji被他的父亲Ikashi Moto召集到第三新东京城。我以为我能看到他受到父亲的欢迎,但我看到一个名叫“使徒”的巨大生物与军队交火。
それでも、戦いの先に平穏な日々があると信じて彼らは戦い続けてきた。しかし、滅びは人類が背負うべき運命だと少年は言う。友人だと信じていた少年が、無情にも現実を突きつける。季節は冬へ。その先にある春を迎えるため、理が下す決断とは……。
高校生の悠二は、人の“存在”を灯りに変えて喰らう化け物・紅世の徒に襲われたところを、紅蓮の髪と眼を持つ謎の少女に救われる。しかし彼は、自分がすでに“存在”していないことを知らされ……。