对知识有强烈渴望的建井太郎(由神岛俊二配音),乐观开朗、积极工作的水泽由美,稳重、认真、高度信任的樱井裕造(由斋藤裕成配音),温柔善良的樱井裕造(由斋藤裕成配音)、宫本千寻(由山本希望配音)和铃木嘉奈(由仙台优里配音),六个互不相识的年轻女孩在黑暗中聚集在这里,即将开始她们华丽的冒险之旅。
故事设定在一个身怀魔力的人类濒临灭绝的世界,武力的最高境界从使用利剑,转而到使用魔法,继而变成了使用枪械。就读于培训用以取缔残存魔力威胁的“异端审问官”专业机关——“对魔导学园”的男主角草薙哮,是个完全不会使用枪械,只靠一柄刀与敌人交锋的另类。而他率领的第35试验小队又被称为“杂鱼小队”,顾名思义是由一群劣等生拼凑而成的团队。某一天,拥有“魔女猎人”资格的超精英持枪高手凤樱花,竟然加入了这支队伍。在带领队员动身执行回收魔导遗产的任务中,一场学园动作奇幻大作就此开始。